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金門大橋在10月30日的下午3點正式通車運營，當天至晚上10點左右，就有將近千餘車輛上橋，接下來數日由於東北季風，也讓這座橋開開停停。事實上，為了確保來往車輛的通行安全，金門縣政府訂有「通行管制、流量管控、交通疏導、交通警示」等4大相關管理措施，藉此維護駕駛以及上橋行人的安全。
大橋車道是雙向各一的「混合車道」及「行人及自行車專用道」配置，汽機車行駛於混合車道，專用道則提供行人及自行車通行。一般的行車上限是每小時60km，但若遇上強風(平均風力6級或陣風8級)、暴雨(24小時累積350毫米或3小時累積200毫米)、濃霧(能見度小於200公尺)，降速為每小時30km，行人及自行車並會建議暫停上橋；如為海上颱風警報，橋上發生重大災害事故等特殊狀況，將進行封橋。
此外，縣府設置有「金門大橋大型車通行申請系統」進行大型車進入總量管制，以避免太多的大型車輛進入導致道路交通不堪負荷，故而規定非低碳及大眾運輸之「甲類大客車、10噸以上大型貨車及特種車」上橋24小時前須先進行申請，未依照規定申請者禁止上橋。而小型車及機車，則會透過交通控制系統進行流量統計，同時會視情況採取相關交通管理策略。
在大橋通車之後，預料日後將會吸引大量遊客前往小金門旅遊，但這些大型遊覽車可能因此過於集中在特定時段或路段，將讓小金門交通大打結。金門縣政府表示，將會建議業者彼此間錯開遊覽時間跟路線。另外駕駛人在通車初期，前往小金門可能因為對道路不熟悉，可能影響通行，所以也會要求警方在要交通路段、路口及景點等將加強巡視、引導，以維護道路交通安全及順暢。
